Câu chuyện diễn ra vào thời điểm năm 2067, tám năm sau những sự kiện đã diễn ra ở phiên bản Macross Frontier năm 2008. Nội dung phim vẫn tiếp tục đưa khán giả đến với những màn chiến đấu bằng máy bay Valkyrie mãn nhãn và lắng nghe các bản nhạc rung động lòng người vốn là đặc trưng của phim từ trước đến nay.